Для работы JIRA нужно установить последнюю версию JAVA environment на сервер.
Скачиваем JAVA с на java.com либо здесь
wget http://cms.ixiasoft.com/downloads/util/java/jre-7u51-windows-x64.gz
и распаковываем
tar -xf jre-7u51-linux-x64.gz  -C /opt
MYJAVAHOME=/opt/jre1.8.0_144
Добавляем свеже установленную java в систему:
update-alternatives --install /usr/bin/java java ${MYJAVAHOME%*/}/bin/java 20000
Убеждаемся, что все ок:
java -version
->
java version "1.7.0_51"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.7.0_51-b13)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 24.51-b03, mixed mode)

wget https://www.atlassian.com/software/jira/downloads/binary/atlassian-jira-software-7.4.2.tar.gz
tar -xf atlassian-jira-software-7.4.2.tar.gz  -C /opt/
После этого вот отсюда - http://dev.mysql.com/downloads/connector/j/ -  стаскиваем platform Independent Java MySQL Connector.

tar -xf mysql-connector-java-5.1.29.tar.gz